Drengen Shinichi Kudo (som er juniordetektiv) har opklaret mange sager og er den mest populære detektiv i hele vest Japan. En dag han er i en forlystelsespark med sin "kæreste" Ran Mori, får han øje på nogle sortklædte mænd som ser skumle ud. Han vil se hvad de har for, men bliver opdaget og en af mændene giver ham en gift som gerne skulle dræbe ham... Men desværre for dem bliver han lavet om til en lille dreng i stedet for. Det ved forbryderne dog ikke og han må prøve at forhindre dem i at opdage det...
Shinichi (som nu kalder sig for Conan Edogawa) vil gerne have sin gamle krop tilbage. Men hvordan skal han nu gøre det? Jo... En af hans venner (Professor Agasa) ved som den eneste hvem han i virkeligheden er og råder ham til at holde øje med forskellige forbrydere ved at flytte ind hos den uduelige detektiv Kogoro Mori (far til Ran). Med hjælp fra en stemmeforvrænger og en bedøvelsespistol gør Conan Kogoro til en mesterdetektiv ved at bedøve ham og opklare hans sager... Og snart vokser bunken...
Hvordan mon han klarer det?

__________________
Amie kiggede indgående på Lawrence ansigt, og prøvede at finde ud af hvad der foregik inde i hans hoved. Til sidst trak han på skuldrene og lod sin bazooka glide ned. Klar til brug.
“Har du nu også fået sådan en?” Lawrence lo. En stille, nervøs latter. “Lad os komme i gang Amie!” Han stillede sig parat.
“Vent lige Lawrence!” Afværgende lod han bazookaen falde løst ned og løftede hænderne op foran hovedet.
“Jeg… Jeg tror at jeg elsker dig…”